Одновременно со структурными изменениями велось интенсивное проектирование по застройке городов Уфа, Стерлитамак, Белорецк, Ишимбай,
рв котором принимали активное участие архитекторы A.M. Мышкин, И. М. Волянский, конструкторы В. П. Медведков, В. Л. Гаврилович, инженеры Н. М. Мухамадеев, А. И. Щипицын, А. З. Кузнецова, А. С. Подольская, Н. И. Чайкин, Н. Г. Усков, П. М. Житников и многие другие. К этому времени в института трудилось почти триста сотрудников.
В городах республики ведется интенсивное строительство, но при этом теряется их индивидуальный облик, не учитываются градостроительные особенности. В эти годы «Башпроект» пополнился плеядой молодых архитекторов, в основном московской школы: С. А. Федоров, Э. В. Павлова, В. А. Кондрашков и др. Они возобновляют интерес к градостроительным аспектам проектирования, развитию территории и населения г. Уфы.
В связи с изменением наименований проектных организаций в области гражданского строительства, постановлением Совета Министров БАССР в 1964 году «Башпроект» был переименован в проектный институт гражданского строительства, застройки городов и сельских населенных мест — «Башкиргражданпроект».
В июне 1965 года директора П. С. Колосова сменяет А. Ф. Козлов, участник войны, опытный архитектор, работавший до этого в институте «БашНИПИнефть». Главным инженером института становится Ф. Б. Калимуллин, а главным архитектором с 1962 по 1965 годы работает Ф. И. Рехмуков, будущий главный архитектор г. Уфы.
В конце 1966 года завершается строительство нового производственного здания «Башкиргражданпроект» на углу улиц Ленина и Революционной.
рИнститут переезжает в новый корпус с просторными рабочими помещениями, светлыми холлами и подсобными мастерскими: столярной, слесарной, макетной, фотолабораторией. Обновляются основные фонды, закладываются основы вычислительного центра. В институте формируются новые мастерские, выпускающие комплексные проекты. Настоящими организаторами проектирования становятся главные инженеры проектов, несущие полную ответственность за сроки и качество выпускаемой документации.
Руководители мастерских Ю. А. Стрельцов, В. Г. Попков, В. В. Унжаков, инженеры Н. А. Либстер, В. Д. Казаков, В. А. Першин, С. М. Хызыров, Н. М. Беликова, Н. П. Дударова, Н. Г. Усков, Г. К. Киселев и многие другие ведущие сотрудники института самоотверженной работой поднимали авторитет мастерских и института в целом.
Начиная с середины 60-х годов, коллектив института пополнился молодежью, выпускниками Московского архитектурного института, которые укрепили творческую основу коллектива на долгие годы, делая акцент на индивидуальные проекты общественных и жилых зданий. Архитекторы Р. И. Кирайдт, В. М. Сухорослов, И. В. Деденко, А. А. Кривошеин, С. Улановский, В. Н. Бердяев, В. Ефременко со старшими коллегами И. М. Волянским, Ю. А. Пацковым, Э. В. Павловой, С. А. Федоровым во многом оказали влияние на формирование прогрессивных преобразований в архитектуре республики.